Для использования на одной машине нескольких серверов apache в разных конфигурациях достаточно настроить несколько вариантов и зарегистрировать как сервисы Windows
1. Создаем файл настроек нового сервера в каталоге Apache/conf
Например:
c:\Program Files\Apache Software Foundation\Apache2.2\conf\http_test.conf
2. В файле настроек меняем пути к логам и порт, на котором будет работать сервер